В 1882 году Н. Е. Жуковский защитил диссертацию на степень доктора прикладной математики, представив работу «О прочности движения».

С 1886 года он – профессор Московского университета по кафедре механики, а с 1887 года занимает одновременно должность профессора по кафедре аналитической механики в Московском высшем техническом училище. С этими двумя крупнейшими высшими учебными заведениями нашей страны была тесно связана вся дальнейшая педагогическая и научная деятельность Н. Е. Жуковского. Здесь он развернул экспериментальную работу, собрал вокруг себя большой коллектив учеников и последователей. Спокойный, ровный характер Николая Егоровича, его мягкость и добродушие привлекали к нему всех окружающих. Он умел объединить в общей работе людей разных темпераментов, различного таланта и способностей. Непрерывно занятый научной работой, он создавал вокруг себя атмосферу напряженного труда и здорового оптимизма.