Не смущаясь отсутствием поддержки, уверенный в правильности своего прогноза, В. П. Амалицкий составляет программу исследований и немедленно приступает к ее исполнению на собственные средства. Детей у В. П. Амалицкого не было; все свободное от преподавания каникулярное время он вместе с женой проводит в исследовании пермских отложений северо – востока Европейской России. В небольшой лодке с двумя гребцами В. П. Амалицкий плавал по Сухоне, Северной Двине и Вытегре, тщательно обследуя все выходы пермских пород. Начиная с 1895 по 1898 год каждое лето В. П. Амалицкий проводил под открытым небом, ночуя под незамысловатым навесом прямо в лодке, шаг за шагом проходя сотни километров береговых обнажений.